Première installation pour les ordis de prêt en Master MAS

Étape 1 : installation Ubuntu LTS

L’OS Ubuntu est déjà préinstallé avec un utilisateur mas dont le mot de passe vous sera fourni pendant la séance d’installation.

Il vous reste à :

• créer un nouvel utilisateur (et choisir son mot de passe)
• vous connecter avec cet utilisateur
• configurer le WiFi eduroam (NUMETUDIANT@univ-rennes2.fr / mot de passe étudiant)
• Modifier le nom de votre machine sur le réseau :
  1. sudo nano /etc/hostname -> remplacer le nom de host par le UCxxxxxx avec le numéro inscrit sous votre ordinateur
  2. sudo nano /etc/hosts -> remplacer toutes les occurrences du nom de host par le UCxxxxxx avec le numéro inscrit sous votre ordinateur
  3. redémarrer votre ordinateur
• Mettre à jour les packages Ubuntu :

    sudo snap refresh
  

Étape 2 : installation des logiciels de base

Exécutez le code ci-dessous ligne à ligne dans un Terminal :

# Installation de VS Code
sudo snap install code --classic

# Installation de Miniconda
mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh
~/miniconda3/bin/conda init bash
~/miniconda3/bin/conda init zsh

À ce point de l’installation, vous devez fermer le terminal ouvert, puis en ouvrir un nouveau.

# Création d'un environnement conda fonctionnel
conda update -n base -c defaults conda
conda install -n base conda-libmamba-solver
conda config --set solver libmamba

wget https://rtavenar.github.io/install_portables_master_mas/assets/mas.yml
sudo apt-get install libgl1-mesa-glx libegl1-mesa libxrandr2 libxrandr2 libxss1 libxcursor1 libxcomposite1 libasound2 libxi6 libxtst6
conda install anaconda-navigator

La fin de l’installation de votre environnement conda va se dérouler dans anaconda-navigator. Lancez ce programme en entrant la commande anaconda-navigator dans un terminal, puis créez un nouvel environnement en important le fichier mas.yml qui se trouve dans votre dossier personnel (répertoire “home”). Renommez ce nouvel environnement mas.

Puis retournez dans un terminal pour entrer ces deux lignes qui définissent mas comme votre environnement conda par défaut dans le terminal :

echo "conda activate mas" >> ~/.bashrc
echo "conda activate mas" >> ~/.zshrc

Enfin, pour installer une version récente de R et RStudio, exécutez les lignes suivantes :

sudo apt update -qq
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
sudo apt install --no-install-recommends r-base
sudo apt install libgdal-dev texlive texlive-xetex libssl-dev libcurl4-openssl-dev unixodbc-dev libxml2-dev libfontconfig1-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev r-cran-nloptr build-essential gfortran

wget https://download1.rstudio.org/electron/jammy/amd64/rstudio-2023.06.2-561-amd64.deb
sudo dpkg -i rstudio-2023.06.2-561-amd64.deb

Étape 3 : configuration et prise en main des logiciels installés

• Ajout d’un raccourci vers Anaconda sur le bureau:

    cd ~/Bureau && wget https://rtavenar.github.io/install_portables_master_mas/assets/anaconda.desktop && chmod u+x anaconda.desktop && sed -i 's/USERNAME/${USERNAME}/g' anaconda.desktop
  

• Configuration de VS Code
  • Lancer VS Code depuis Anaconda Navigator
  • Dans l’onglet “Extensions”, installer l’extension “Python” (éditée par Microsoft) si elle n’est pas déjà installée
• Prise en main de RStudio
  • Lancer RStudio depuis la liste des applications (pas depuis Anaconda Navigator)
• Gestion des fichiers
• Installation de logiciels supplémentaires
  • Présentation de la bibliothèque logicielle Ubuntu